Journées PROTÉOME VERT des 26 et 27 mai 2025

centre INRAe de Dijon, 27 rue Sully.

Les journées Protéome Vert sont ouvertes aux personnes intéressées par la protéomique des plantes. Vous êtes invités à y présenter aussi bien les nouveaux développements méthodologiques dans les domaines de la préparation des échantillons, de la spectrométrie de masse et de l’analyse bioinformatique que les résultats biologiques obtenus grâce à la protéomique. Les journées sont organisées par le réseau Protéome Vert.

ProteoBench is an open platform for benchmarking proteomics data analysis workflows.

There several modules each one focusing on a specific Protomics technic:

Important modifications since 1.0.10 :

• Complete support for the Sage identification engine
• Integrating a modified version of X!Tandem that can read directly mzML files and TimsTOF raw data
• Switch from HTCondor to Slurm for HPC cluster support
• Bunch of fix on reported issues
• Support for ProteoBench metadata for Sage identifications
• Numerous GUI improvements

Complete changelog

Le conseil scientifique des utilisateurs (CSU) de PAPPSO aura lieu l’après-midi du 23 septembre 2024 et sera ouvert à tous, utilisateurs de la plate-forme ou intéressés par ses activités. Cette demi-journée d’échanges sera accessible en visio via le lien suivant (https://bbb.visio.inrae.fr/b/oli-nt9-82w-eav)

Important modifications since 1.0.3 :

• Export file format for ProteoBench
• Windows setup now including X!Tandem executables
• Better GUI for statistical analysis using MCQR 0.6.14

Complete changelog