Identification de protéines par spectrométrie de masse

La plate-forme possède 4 appareils permettant l'identification des protéines :

  • LC-MS/MS (Orbitrap)
  • LC-MS/MS (LTQ-ETD)
  • LC-MS/MS (Q-Exactive)
  • LC-MS/MS (Orbitrap Fusion Lumos Tribrid)

LC-MS/MS

Les échantillons peuvent être issus de séparation sur gels d'électrophorèse mono ou bidimensionnelles, de fractions de chromatographie liquide ou bien il peut s'agir d'échantillons liquides de protéines n'ayant pas subi de séparation préalable. Après une digestion des protéines, les peptides sont séparés par chromatographie liquide en phase inverse et fragmentés dans le spectromètre de masse.

Les identifications reposent sur l'une des deux techniques suivantes :

  • technique d'empreinte de fragmentation que l'on appelle aussi "Mass Matching" et qui n'est possible que si des banques protéiques ou EST importantes existent (génome séquencé, espèce proche séquencée, grande quantité d'EST ...);
  • approche dite "De Novo", utile lorsqu'il y a très peu ou pas de séquences dans les bases de données, dans laquelle l'identification des protéines se fait en deux étapes : (1) les spectres de fragmentation sont traduit en séquence primaire d'acides aminés (détermination automatique); (2) ces séquences sont utilisées pour identifier les protéines par alignement de séquences.

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