Notre équipe développe un ensemble d'outils bioinformatiques, destinés à faciliter et à automatiser l'analyse de données protéomiques.

    Spectrométrie de masse

  • X!Tandem pipeline

    Ce programme réalise l'identification de protéines par recherche en banque en utilisant le moteur X!Tandem . C'est une alternative à l'installation d'un serveur local GPM. Plus d'information ...

  • DeNovo Pipeline

    Ce programme réalise l'identification de protéines par approche de novo en combinant les logiciels PepNovo pour le séquençage et Fasts pour la recherche d'homologie. Plus d'information ...

  • MassChroQ

    MassChroQ (Mass Chromatogram Quantification) est un logiciel de quantification permettant l'alignement et l'extraction de l'aire sous le pic des peptides dans des analyses LC-MS/MS (Valot, Langella, Nano & Zivy, 2011). Plus d'information ...

  • Analyse de gels 2D

  • Beads

    Ce programme détecte les spots dans des images de gel 2D. Il est basé sur une analogie avec des billes roulant sur le paysage formé par l'image du gel et l'analyse des chemins empruntés (Langella & Zivy, 2008). Plus d'information ...

  • Base de données proteomiques

  • PROTICdb

    PROTICdb est une base de données dédiée au stockage et à l'analyse de données de protéomiques (gels 2D, identification de protéines, ...). Plus d'information ...

  • Autres logiciels

  • Database Manager

    Ce programme stocke les métadonnées des fichiers de séquence et effectue des transformations sur ceux-ci. Plus d'information ...

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