Spectromètres de masse

nanoLC MS/MS - ETD

nanoUPLC

Nom : nanoLC-ultra
Marque : Eksigent
Descriptif : Chaîne UPLC pilotée par le logiciel du spectromètre de masse via des pilotes Eksigent. Préconcentration sur colonne de 300 µm à_ 10 µl/min et séparation sur colonne de 75 µm à  300 nl/min.
Configuration utilisée au laboratoire :
  • passeur d'échantillons au format microplaque 96 puits
  • prélèvement : 4 µl (1D LC) à  20 µl (2D LC)
  • système de vannes 10 voies pour préconcentration ou chromatographie orthogonale
  • débit capillaire de 200 nl/min en gradient (application du débit sans split)
  • contrôle des pressions sur les pompes et sur colonne
  • interface de pilotage intégré dans Xcalibur (ThermoFinnigan)
nanolc-MS/MS

Spectromètre de masse

Nom : LTQ-XL, équipé d'un système de fragmentation ETD
Marque : ThermoFinnigan
Configuration utilisée au laboratoire :
  • couplage direct à  l'HPLC capillaire
  • source Nanospray
  • fragmenation CID (Helium) et ETD
  • pilotage : PC sous windows XP, Xcalibur 2.O.7 : contrôle du spectromètre de masse et de l'HPLC
  • traitement des données: Bioworks 3.3.1 ou X!Tandem
nanolc-MS/MS

nanoLC MS/MS - Orbitrap

HPLC capillaire

Nom : Ultimate 3000
Marque : Dionex
Descriptif :
  • colonne pepmap C18, 75 µm (3 µm/100A/15 cm) ; Débits : de 300 nL/min
  • pré-colonne C18 pepmap, 300 µm (3 µm/100A/5 mm)
  • injecteur automatique 48 vials ou plaques de 96 puits
  • pilotage : Chroméléon
ultimate 3000

Spectromètre de masse

Nom : ORBITRAP Discovery
Marque : Thermo Electron Corporation
Descriptif :
  • source microspray (débit de 300 nl/min)
  • gamme de masses : 50-2000 uma
  • fragmentation CID (hélium)
  • sensibilité : environ 1 fmol
  • pilotage : Xcalibur 2.0.7
  • traitement des données: sur PC sous Windows XP, Bioworks 3.3.1
orbitrap

MALDI-TOF

Nom :MALDI-TOF Voyager DE STR
Marque : Applied Biosystem
Descriptif :
  • tube de vol : 3m
  • gamme de masses : 500 à 300000 Da.
  • résolution : 20000 à la masse 2500 Da
  • précision +- 30 ppm à la masse de 2000 DA avec étalon externe et +- 10 ppm avec étalon interne en mode réflectron
  • sensibilité : 50 fmol de neurotensine (PM : 1676 Da)
Voyager DE STR

Robot d'hydrolyse

Progest

Marque : Genomic Solution
Descriptif : module programmable autonome permettant l'hydrolyse de protéines en gel. Hydrolyse en microplaque 96 puits.
Caractéristiques d'emploi :
  • collecte des extractions de peptides dans des tubes type PCR en barrettes sécables (adaptées au passeur d'échantillon de la chaîne HPLC)
  • programmation des méthodes d'hydrolyse sur un PC indépendant, puis transfert des méthodes par disquette au robot d'hydrolyse.
digesteur

Multiprobe II EX

Marque : Packard Biosystems
Descriptif : robot de préparation des échantillons avec dépôt sur plaque MALDI.
Caractéristiques d'emploi :
  • lavage et digestion des spots
  • nombre d'échantillons traité a la fois : 95.
digesteur

Collecteur

Nom : Probot
Marque : LC Packings - Dionex
Descriptif : robot de collecte après nano- ou micro-LC sur plaque MALDI ou plaque 96 puits.
probot

Electrophorèse bidimensionnelle

IEF

Nom : Protean IEF Cell
Marque: Biorad
Descriptif : iso-électrofocalisation pour IPG
Configuration utilisée au laboratoire :
  • courant max :10 000 V, (2.4 mA)
  • effet Peltier : 20°C
  • utilisation de strips 24 cm (par 12)
ief-cell

SDS-PAGE

Nom: PROTEAN Plus Dodeca Cell
Marque: Biorad
Descriptif : deuxième dimension de la 2-DE par série de 2*12 gels
Configuration utilisée au laboratoire :
  • gels 21 x 24 cm x 1 mm
dodeca-cell

Coloration

Nom : Dodeca Stainer, large
Marque : Biorad
Configuration utilisée au laboratoire :
  • coloration au nitrate d'argent
  • gels 21 x 24 cm x 1 mm
dodeca-stainer

Acquisition d'image

Scanner DO

Nom : ImageScanner
Marque : Amersham Biosciences
Descriptif : acquisition d'image en transmission dans le visible
scanner amerscham

Scanner en fluorescence

Nom : ProXPRESS
Marque : PerkinElmer
Descriptif : acquisition d'image en fluorescence
Compatibilités :
  • Sypro Ruby
  • DIGE
  • ProQdiamond
proxpress

Analyse d'image

Nom : Progenesis
Marque : nonlinear
Nom : ImageMaster 2D Platinium
Marque : Amersham Biosciences
Nom : PDQuest
Marque : Bio-Rad

Robot de prélèvement

Nom : EXQuest Spot Cutter
Marque : BioRad
Descriptif : prélèvement automatique des fragments de gels 2D ou SDS-PAGE et collecte dans des plaques 96 puits
spotcutter

Base de données PROTICdb